税務調査の流れ｜事前通知から調査終了までを税理士がわかりやすく解説

「税務署から電話がかかってきたけど何をされるのだろう？」

「税務調査はどのような流れで進むの？」

「事前に準備しておくべきことはあるの？」

個人事業主や中小企業の経営者にとって、税務調査は大きな不安の一つです。しかし、税務調査の流れを事前に理解しておけば、必要以上に恐れる必要はありません。

税務調査の多くは任意調査であり、突然始まるものではなく、事前通知から日程調整、実地調査、結果説明という一定の手順に沿って進みます。国税庁も税務調査手続について明確なルールを定めています。

 

税務調査は「事前通知→実地調査→結果説明」の流れで進む

税務調査の一般的な流れは次のとおりです。
 

1. 1.税務署から事前通知
2. 2.日程調整
3. 3.調査前の資料準備
4. 4.実地調査
5. 5.調査結果の説明
6. 6.修正申告または是認
    

多くのケースでは、税務署から電話で連絡が入り、調査対象期間や対象税目、調査日時などが通知されます。調査対象者には調査の準備期間が確保されるのが原則です。

税理士が関与している場合は、税理士に通知が行われます。

 

なぜ税務調査はこの流れで行われるのか

税務調査には適正な課税を実現する目的があります。

税務署は申告内容が正しいかどうかを確認するために調査を行いますが、納税者の権利保護も重要視されています。そのため、国税通則法では事前通知や調査終了時の説明などの手続が整備されています。

また、調査官は把握した帳簿書類などを確認し、申告内容との整合性を検証します。

 

実際の税務調査の流れを具体例で解説

① 税務署から電話連絡

ある日、税務署の担当者から電話があります。

通知される主な内容は次のとおりです。
 

• ・調査日時
• ・調査場所
• ・調査対象税目
• ・調査対象期間
• ・準備しておく資料
   

日程については事情があれば変更を相談できます。

② 調査前の準備

次のような資料を整理します。
 

• ・総勘定元帳
• ・現金出納帳
• ・預金通帳
• ・請求書
• ・領収書
• ・契約書
• ・給与台帳
   

税理士がいる場合は事前打ち合わせを行い、想定質問への対応を確認します。

③ 実地調査当日（臨場調査）

調査官は事業内容のヒアリングから始めます。

その後、
 

• ・売上計上漏れの有無
• ・経費計上の妥当性
• ・現金管理状況
• ・消費税処理
   

などを確認します。

臨場調査の期間は事業規模によって異なりますが、一般的には1日から2日程度で終了するケースが多く見られます。

調査官は臨場調査終了時に納税者の了承を得た上で必要書類を預かり、署内での帳簿調査や必要に応じて取引先や金融機関に対する反面調査を行い、調査結果の取りまとめを行います。

また、後日、調査の途中で新たに発生した疑問点や不明点について、電話や面接によって納税者に確認する場合もあります。

④ 調査結果の説明

調査は概ね2週間から３週間の期間を要しますが、内容によっては１か月以上要する場合もあります。

調査終了後、調査官から結果説明があります。

結果は大きく次の3つです。

申告是認

申告内容に問題が認められない場合です。

行政指導

軽微な誤りがあるものの修正申告までは求められない場合です。

修正申告

申告漏れや経費計上誤りが見つかった場合です。

修正申告を行うと追加の税金や加算税、延滞税が発生することがあります。

 

「税務調査は必ず追徴課税される」は誤解

税務調査というと、

「必ず税金を取られる」

「何か見つけられる」

と思われがちです。

しかし実際には、申告内容に問題がなければ是認となります。

また、税務調査は脱税を前提に行われるものではなく、申告内容の確認手続です。

日頃から帳簿を適切に作成し、請求書や領収書を保存していれば、過度に心配する必要はありません。

税務調査では帳簿と実態の整合性が重視されるため、普段から適正な経理処理を行うことが最大の対策になります。

 

まとめ

税務調査は通常、事前通知から実地調査、結果説明まで一定の流れに沿って進みます。

特に重要なのは、事前通知を受けた段階で資料整理を行い、不明な点を確認しておくことです。

税理士が関与している場合は、事前に調査対応を打ち合わせすることで安心して調査に臨めます。

税務調査で最も確認されるのは、帳簿や証憑類が整備され、申告内容と実態が一致していることです。日頃から適正な経理を行うことが、最大の税務調査対策といえるでしょう。
 

FAQ（よくある質問）

Q1. 税務調査の連絡は突然来るのですか？
多くの税務調査は事前通知があります。通常は電話で連絡され、調査日時や対象期間などが通知されます。

Q2. 税務調査の日程変更はできますか？
正当な理由があれば日程変更の相談が可能です。事業上の都合や出張予定などがある場合は早めに伝えましょう。

Q3. 税務調査は何日くらいかかりますか？
個人事業主や中小企業の場合、一般的には1日から2日程度の実地調査が多く見られます。ただし事業規模によって異なります。

Q4. 税理士がいないと不利ですか？
税理士がいなくても調査は受けられます。ただし、資料準備や調査官への説明に不安がある場合は税理士へ相談することで負担を軽減できます。

Q5. 税務調査で必ず追徴課税されますか？
必ずではありません。申告内容に問題がなければ是認となり、追加の税金が発生しないケースもあります。